曾国藩唯恐事态扩大，一到天津，马上撤了天津道、知府和知县的职务，以示办案不偏不倚。洋人咄咄逼人，非要将天津知府、天津知县和提督陈国瑞等斩首抵命不可。曾国藩经过一番调查，上奏朝廷：“仁慈堂男女一百五十余口，均称其家送至堂中育养，并无拐卖事情。至于挖眼剖心之事，经曾国藩亲问，百姓无能指实。询之天津城内外，亦无幼童损失控告之案……其实挖眼剖心、戕害生民之说，多属虚诬，并无实据。”迫于洋人的压力，曾国藩答应赔偿白银四十余万两，奏请将二十名“作乱凶犯”斩首示众，流放二十五人，并把天津知县刘杰和知府张光藻发配黑龙江，派崇厚赴法国认错道歉。其实曾国藩两头为难，朝廷曾经叮嘱他：“消弭衅端，委曲求全”和“使民心允服，始能中外相安”。