一五三五年九月一日，保罗三世的一道敕令，任命他为圣彼得的建筑绘画雕塑总监。自同年四月起，米开朗琪罗已接受《最后之审判》的工作。自一五三六年四月至一五四一年十一月止，即在维多利亚逗留罗马的时期内，他完全经营着这项事业。在这项工作的过程中，在一五三九年，老人从台架上堕下，腿部受了重伤，“又是痛楚又是愤怒，他不愿给任何医生诊治”。他瞧不起医生，当他知道他的家族冒昧为他延医的时候，他在信札中表示一种可笑的惶虑。
“幸而他堕下之后，他的朋友、翡冷翠的巴乔·隆蒂尼是一个极有头脑的医生，他对米开朗琪罗十分忠诚，他哀怜他，有一天去叩他的屋门。没有人回应，他上楼，挨个房间去寻，一直到米开朗琪罗睡着的那间。米氏看见他来，大为失望。但巴乔也不愿走，直到把米开朗琪罗医好后才离开。”
像从前尤利乌斯二世一样，保罗三世来看他作画，提出意见。他的司礼长切塞纳伴随着他，教皇征询他对于作品的意见。据瓦萨里说，切塞纳是个非常迂执的人，宣称在这样庄严的场所，表现那么多猥亵的裸体是大不敬；他说，这是配装饰浴室或旅店的绘画。米开朗琪罗愤慨之余，待切塞纳走后，凭了记忆把他的肖像画在图中；他把切塞纳放在地狱中，画成判官米诺斯的形象，在恶魔群中给毒蛇缠住了腿。切塞纳到教皇面前去诉说。保罗三世和他开玩笑地说：“如果米开朗琪罗把你放在监狱中，我还可设法救你出来；但他把你放在地狱里，那是我无能为力了；在地狱里是无法挽救的了。”